Il Centro di Documentazione, piccolo ma accogliente, è stato aperto fin dall'inaugurazione del Parco nel 2003. Nel 2011, in un’ottica di riqualificazione e rilancio del Parco, gli spazi espositivi sono stati interamente riorganizzati.
Il progetto museografico, fin dall’inizio, è stato pensato per raccontare le vicende dell’insediamento nella sua lunga durata, così come abbiamo potuto ricostruirla sulla base delle ricerche archeologiche. Volevamo un museo che “parlasse” ai visitatori per immagini e, senza indulgere in tecnicismi archeologici, fornisse un quadro immediato ed esauriente delle trasformazioni urbanistiche, edilizie e di organizzazione del potere subite dal sito di Podium Bonitii.
I pannelli che accompagnano il percorso del visitatore sono incentrati soprattutto su grandi ricostruzioni illustrate, accompagnate da più piccole fotografie di scavo e da un breve testo descrittivo. La narrazione avviene anche attraverso plastici ricostruttivi e, soprattutto, attraverso degli spaccati che ricostruiscono, quasi in scala reale, le parti più significative di alcuni degli edifici rinvenuti durante lo scavo, dando una visione realistica e tridimensionale del sito nelle sue varie fasi di vita. È inoltre esposta una limitata selezione dei materiali, non fine a se stessa ma mirata a presentare gli “arredi” degli ambienti e delle specifiche attività agricole o artigianali, rappresentative della vita quotidiana dell’insediamento nelle diverse fasi di vita.
Le tre sale che formano il Centro di Documentazione seguono un percorso cronologico.
La prima tratta l'evoluzione del villaggio altomedievale, dal complesso tardoantico di case in terra al villaggio-azienda curtense di IX-X secolo. Le pannellature illustrate e le vetrine dei reperti sono affiancate da alcuni plastici ricostruttivi che rappresentano le varie fasi del villaggio e dallo spaccato di una capanna semiscavata con pavimento in terra battuta e arredamento interno (vasi ceramici, pellicce, pagliericcio, ecc.).
La seconda sala narra le vicende del castello fondato da Guido Guerra dei Conti Guidi nel 1155 e la sua evoluzione in “quasi-città” nel corso del '200, fino alla distruzione - e il conseguente abbandono - nel 1270. Anche qui, un angolo dell'ambiente è interamente occupato dalla ricostruzione di uno spaccato dell'officina di fabbro attiva durante il XIII secolo, dove il visitatore può vedere e toccare la forgia, l'incudine e gli attrezzi di lavoro.
L'ultima sala tratta la breve rioccupazione del sito da parte dell'imperatore Arrigo VII nel 1313 e, soprattutto, la costruzione della Fortezza Medicea a cavallo tra il XV e il XVI secolo. Ampio spazio viene dato alla progettazione e alle fasi cantieristiche di questo innovativo complesso architettonico.
Completa il Centro di Documentazione la grande Sala Polivalente (dedicata a Riccardo Francovich) con un particolare arredo in grado di essere facilmente adattato e modulato a differenti funzioni (lezioni, conferenze/convegni, attività didattiche, cene, cerimonie, ecc.).